Der FC Aarau wurde am 26. Mai 1902 in der Brauerei Ryniker in Aarau gegründet. In der Frühzeit des Schweizer Fussballs, in den Saisons 1911/12 und 1913/14, feierte der FCA seine ersten beiden Meistertitel. Nach fast 30 Jahren der Zugehörigkeit zur obersten Spielklasse der Schweiz und einer einzigen Saison in der damaligen National-Liga (1935/36) verschwand der Klub für einige Jahrzehnte von der ganz grossen Bühne des Schweizer Fussballs.

Seit der Gründung der National-Liga B im Jahr 1944 gehörte der FC Aarau mit Ausnahme von vier Saisons (1954-1958) immer der zweithöchsten Liga an. In der Saison1980/81 schafften die Aarauer nach einem 3:1-Erfolg über Vevey-Sports die Rückkehr in die oberste Spielklasse (damals National-Liga A) und starteten in die zweite erfolgreiche Ära der Klubgeschichte. Den Höhepunkt erreichte der FC Aarau in der Saison 1992/93 mit dem überraschenden Gewinn des Meistertitels unter Trainer Rolf Fringer.

Im Schweizer Cup erreichte der FCA drei Mal das Endspiel und durfte sich im Jahr 1985 nach einem 1:0-Erfolg über Neuchâtel Xamax unter Trainer Ottmar Hitzfeld als Cupsieger feiern lassen. 1930 und 1989 musste sich die Mannschaft im Final geschlagen geben. 1982 gewann der FC Aarau zudem den Ligacup.

Trotz immer wiederkehrender sportlicher und finanzieller Probleme verteidigte der FC Aarau seit 1981 seinen Platz in der höchsten Spielklasse der Schweiz, heute der Axpo Super League, immer wieder mit Erfolg und wird wegen der oft knappen Entscheide als «unabsteigbar» bezeichnet. Der FCA ist heute hinter dem Grasshopper Club Zürich am zweitlängsten in der höchsten Liga vertreten.

Im Januar 2003 wurde der FCA in eine Aktiengesellschaft umgewandelt. In der über 100-jährigen Klubgeschichte holte der FCA drei Meistertitel, einen Cupsieg und einen Ligacup-Sieg.